A 2014-2020-as uniós költségvetési időszakból elsőként októberben megjelenő pályázatokat egy előre meghatározott, rövid időszakban kellett benyújtani, így előfordult, hogy a rendszer túlterhelt lett és nem lehetett feltölteni a szükséges dokumentumokat.
Eleinte az is előfordult, hogy a pályázatot nem lehetett egy egész adatlapként kinyomtatni, ami ellehetetlenítette a gyors ellenőrzést. Ezen kívül az egyes menüpontok közötti átjárhatóság lényegesen lassítja a kitöltés időtartamát, kevésbé átlátható a teljes adatlap, nagyon szétaprózódtak, helyenként túlbonyolítottak az egyes menüpontok.
Az új szabályozás szerint minden költségtétel alátámasztására 3 független ajánlattevőtől kell árajánlatot kérni, azonban gyakori az olyan típusú eszközök beszerzése, amelyeknél nem létezik három forgalmazó vagy olyan egyedi gépekről van szó, ahol nem lehet összehasonlítani több szállító ajánlatát.
A pályázatok elbírálása rendkívül lassan történik. Jelenleg a fél éves átfutás tekinthető a “leggyorsabbnak”, de előfordul, hogy háromnegyed vagy akár egy évet is várniuk kell a kedvezményezetteknek az elszámolások benyújtását követően a támogatás folyósítására. Ez pedig azt jelenti, hogy az intézményrendszer számára komoly kihívásokat jelent az új kiírások bírálatának, valamint a befejezett és megvalósítás alatt álló pályázatok elszámolásainak párhuzamos kezelése. Ez azon kívül, hogy bizonytalanságot okoz a pályázók körében, többletköltséget is jelent a számukra (pl. banki finanszírozás kamatai, biztosíték fenntartása), de gondot okoz a betervezett cash-flow csúszásából adódó projektmegvalósítás finanszírozási kockázat is.
A lassúság nem csak az elbírálás területén jelenik meg. Az ügyfélszolgálat munkatársai sokszor nem tudnak segíteni olyan szakmai kérdésekben, amelyeket a támogatások felhasználásának szabályrendszere nem, vagy nem egyértelműen szabályoz. Az írásbeli kérdésekre gyakran csak hónapok múltán válaszolnak, ami természetesen meghaladja az adott kérdésben érintett pályázat benyújtásának időpontját.
További problémákat okoz, hogy a kormány már számtalanszor bejelentette a pályázati dömping beindulását. Hallhattunk már a januári, a februári, a márciusi és legutóbb az áprilisi indulásról. Sok vállalkozás immár másfél éve halasztja a beruházásait, bízván, hogy azokat majd részben uniós pénzből tudja megvalósítani. Az állandó csúszás miatt azonban egyre többen kerültek nehéz helyzetbe, van, aki már nem tud tovább várni és piaci finanszírozással próbálja megoldani az adott fejlesztést. A mostani helyzetnél az is jobb lenne, ha a kormányzat bejelentené, hogy csak fél év múlva tudják elindítani a dömpinget, ám akkor ténylegesen el tudna indulni a pályáztatás.
Hiányosságként említhető még, hogy nincsenek kielégítő publikus pályázati információk, így a cégek nehezen tudnak tervezni ezzel, mindenki szeretné látni mikor, mire és milyen feltételekkel tudna pályázni.

Pozitívumként mindenképp meg kell említeni, hogy az új rendszerben már vannak olyan beépített ellenőrző és összegző mechanizmusok, amelyek segítik a munkát, a korábbihoz képest inkább felhasználóbarát megoldást nyújtanak. Egy helyen elérhetőek adott pályázó támogatási kérelmei, illetve könnyebbséget jelent a pályázók számára, hogy a köztartozásmentes kedvezményezettek nem kötelesek biztosítékot nyújtani.
További pozitív újítás, hogy most már elegendő az online elérhetőség, nem szükséges a korábban alkalmazott kitöltő program telepítése.